سالهای اولیه قهرمانان ماداگاسکار، الکس شیر، مارتی گورخر، ملمان زرافه و گلوریا کرگدن، در حالی که آنها در زیستگاه نجات در باغ وحش سنترال پارک بزرگ می شوند.
گروهی از مرگبارترین موجودات استرالیایی که از حبس شدن در خانه خزندگان که در آن انسان ها مانند هیولاها به آنها نگاه می کنند خسته شده اند، تصمیم می گیرند تا از باغ وحش خود به بیرون را فراری دهند.
فوک بی باک کوین یک جوخه از استخدام‌کنندگان نامناسب را جمع‌آوری می‌کند تا در مقابل کوسه‌های بی‌رحم با دندان‌هایی مانند تیغ بایستند و دریای آزاد را پس بگیرند.
برای رهایی بابا یاگا و رنفیلد از چنگال شکارچی هیولا میلا استار، خانواده Wishbone بار دیگر به یک خون آشام، هیولای فرانکشتاین، یک مومیایی و یک گرگینه تبدیل می شوند. با کمک و حمایت سه خفاش خانگی خود، ما...
